Sa aspekta prirodnih potencijala i vrijednosti, prostor opštine Mojkovac predstavlja specifično područje imajući u vidu da se na teritoriji njegove opštine prostire Nacionalni park Biogradska gora, Nacionalni park Durmitor, kao i slivno područje rijeke Tare, međunarodno zaštićeno područje prirode, stavljeno pod zaštitu UNESCO-a 1977. godine (u okviru programa „M&B“ – „Čovek i biosfera“). Na teritoriji opštine Mojkovac registrovan je i jedan rezervat prirode, i to lokalitet Crna poda (površine 80 ha, u okviru Nacionalnog parka „Durmitor“), kao rezervat crnog bora, na početku kanjonske doline rijeke Tare, u blizini naselja Bistrica.
Područje Nacionalnog parka “Biogradska gora” obuhvata djelove teritorije opština: Kolašin, Mojkovac, Berane i Andrijevica. Nacionalni park obuhvata površinu od 5.650 ha, od čega u okviru opštine Mojkovac 370 ha.
Granica Nacionalnog parka u Mojkovcu počinje sa rijeke Tare kota 832, preko Jarčevih strana izbija na poligon 2032, a odatle na kotu 2005. Granica zatim skreće u pravcu istoka i izbija na greben iznad Šiškog jezera, pa u luku skreće i izbija na Veliku Ostrovicu na kotu 1907, zahvatajući Veliki Ursulovac izbija na Crnu Glavu kota 2137. Odatle granica produžava u pravcu zapada izbijajući na kotu 1898, izlazi na Troglav, zatim produžava na katun Vranjak-kota 1787, skreće na sjevero-zapad na kotu 1890, katune Goleš i Crvenu gredu, izbija na Donji lumer-kota 1728 i spušta se do Lumerskog potoka. Potom granica produžava do ušća Lumerskog potoka u Taru, skreće u pravcu sjevera i ide lijevom obalom rijeke Tare do početne tačke.
Područje Nacionalnog parka „Durmitor“ danas pokriva površinu od 33.895 ha (prema PPPPN NP „Durmitor“), od čega je na teritoriji opštine Mojkovac oko 3000 ha Nacionalnog parka. Donošenjem Zakona o nacionalnim parkovima iz 1978., 1991. i 1994. godine („Sl. list RCG“, br. 27/94) formirane su njegove granice, upravljanje parkom, zone posebne zaštite i mjere uređenja i unaprijeđenja prirodnih dobara. Granica Nacionalnog parka „Durmitor“ na teritoriji opštine Mojkovac istovremeno predstavlja i granicu slivnog basena rijeke Tare. U okviru Nacionalnog parka „Durmitor“ posebno se izdvajaju sledeća prirodna dobra, očuvanih autohtonih vrijednosti: lokalitet „Crna poda“, najuža okolina Zabojskog jezera kao poseban rezervat prirode, Manastirska vrela i vodopad Skok u Dobrilovini, kao hidrografsko-hidrološki spomenik prirode, pećine Škola i Šalintrača u Dobrilovini kao memorijalni spomenik prirode, kao i geomorfološke vrijednosti u zaštitnoj zoni Parka (planinski vrhovi Prošćenjskih planina – Sveviđe, Ljeljeni vrh, Konjska lastva, itd.). Pored spomenutih hidroloških, geomorfoloških i speleoloških prirodnih vrijednosti, na području Nacionalnog parka nalaze se i staništa većeg broja zaštićenih biljnih i životinjskih vrsta (od kojih su mnoga regionalnog i međunarodnog značaja), kao i pojedini primjerci endemskih, reliktnih i endemsko-reliktnih florističkih primjeraka.
Poseban prirodni, biološki, ekosistemski i hidrološki fenomen na području opštine Mojkovac predstavlja rijeka Tara sa svojim slivnim područjem.
Područje planine Sinjajevine na teritoriji opštine Mojkovac predstavlja prostor izuzetnih turističnih potencijala na bazi očuvanosti prirodno-ekoloških karakteristika, prevashodno kao posljedica izrazite nenaseljenosti područja; ova planina obiluje prostranim pašnjačkim i livadskim površinama, kraškim oblicima reljefa (vrtače, uvale, jame), kraćim rečnim tokovima (Štitarica, Bistrica) i brojnim izvorima. Stavljanjem pod posebnu zaštitu Sinjajevine kao regionalnog parka prirode, na teritoriji opštine formirao bi se svojevrstan ekološki koridor zaštićenih područja (NP „Durmitor“ – RP „Sinjajevina“) čime bi se evidentirane i potencijalne prirodne vrijednosti ovih prostora adekvatno valorizovale i upravljale na način uspostavljanja održivog razvoja ovih planinskih sistema.
